Наставната програма на Американската Гимназија Скопје е создадена и имплементирана врз основа на Државната програма за средни училишта, воспоставена од Министерството за образование и наука на Република Северна Македонија. Ова значи дека наставните предмети вклучени во планот, како и наставните часови определени неделно, се еднакви на оние од образовниот план на државните средни училишта.

Наставен јазик
Сите часови во Американската Гиманзија Скопје целосно се предаваат на англиски јазик, со исклучок на предметот Македонски јазик, кој се предава на македонски јазик. Странските граѓани чиј мајчин јазик не е македонски јазик имаат предмет MSL – Македонски јазик како втор јазик, организиран и достапен во зависност од претходното знаење. Учениците во АГС исто така може да одберат втор странски јазик. Моменталниот избор е меѓу Италијански, Германски и Француски јазик. Јазичните групи се создаваат на почетокот од училишната година, по спроведување анкета помеѓу учениците.

Насоки
Првата година е општа и сите ученици се водат по иста наставна програма. По завршување на првата година, учениците имаат можност да бираат насока. Во моментот, гимназијата ги нуди следните насоки:

• Природно-Математичка
• Општествено-Хуманистичка

Со овој избор, учениците продолжуваат да учат предмети кои се концентрирани на овие две теми. Ако учениците изразат интерес за поинакви предмети, училиштето е отворено за отворање нови насоки.

Училиштето исто така нуди воннаставни часови два пати неделно, и во моментов учениците може да изберат меѓу часовите Светска Уметност и Родови Студии, кои се оценуваат описно со pass (положи)/fail (падна) метод на оценување.